NextFlow 问答列表

何时使用 def - Groovy Shell

作者:Death Metal 提问时间:8/1/2023

我是 nextflow 的新手,它大量使用 groovy。我正在学习时髦来学习闭包,以便可以在 nextflow 中学习和实现。我有一小段代码,我正在尝试打印并在时髦的 shell 中执行。 f_n...

Nextflow 进程中的 LexerNoViableAltException 替换为 perl

作者:Ryan 提问时间:9/7/2023

我正在尝试运行一个perl单行代码来对文件执行替换,但似乎在perl数字字符处得到一个。groovyjarjarantlr4.v4.runtime.LexerNoViableAltException ...

三引号内对 NextFlow 脚本 shell 命令的注释

作者:statistician_in_training 提问时间:10/11/2023

我想为在nextflow进程中运行的shell命令添加注释。例如 process A_MSC { tag "${ comp_id }" label (params.LABEL) publi...

在 Jenkins 中运行 NextFlow 管道

作者:biolab 提问时间:11/14/2023

我创建了一个 NextFlow 管道来分析 RNA 序列,我想在多个样本上运行该管道。我有多个服务器可以用来完成任务。 我想知道通过 Jenkins 运行 Nextflow 管道以管理多个服务器中的...


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