提问人:robertspierre 提问时间:5/25/2019 最后编辑:robertspierre 更新时间:9/30/2022 访问量:130
增加观测值的数量有 R 抛出随机系数 - 数值稳定性问题?
Increasing the number of observations have R throw random coefficients - Numerical stability problem?
问:
我有这个代码
rm(list=ls())
N = 20000
xvar <- runif(N, -10, 10)
e <- rnorm(N, mean=0, sd=1)
yvar <- 1 + 2*xvar + e
plot(xvar,yvar)
lmMod <- lm(yvar~xvar)
print(summary(lmMod))
我预计系数类似于 [1,2]。
取而代之的是,R 不断向我抛出没有统计学意义且不适合模型的随机数,$R^2$ 真的很低。我只是看不出我做错了什么。下面是一个示例输出:N =20000
Call:
lm(formula = yvar ~ xvar)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-47.23 -9.10 1.24 11.23 23.74
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 0.03163 0.08291 0.381 0.70286
xvar 0.04290 0.01427 3.006 0.00265 **
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Residual standard error: 11.73 on 19998 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.0009635, Adjusted R-squared: 0.0009135
F-statistic: 19.29 on 1 and 19998 DF, p-value: 1.131e-05
但是,如果我输入 N=200 或 N=2000,它就可以工作。系数与实数相似,在实数的两个标准差内,我得到的 $R^2$ 值高达 99%,并且系数在统计学上都是显著的,为 $p<<0.01$。
这是怎么回事?为什么增加观测值的数量会使回归恶化?R 是否暗中遇到数值稳定性问题?
我在 Kubuntu 19.04 上运行 R 3.6.0。使用 --vanilla 选项在命令行上运行 R 也会出现同样的问题。
编辑:这是输出sessioninfo()
> sessionInfo()
R version 3.6.0 (2019-04-26)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 19.04
Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmkl_rt.so
Random number generation:
RNG: Mersenne-Twister
Normal: Inversion
Sample: Rounding
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=it_IT.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=it_IT.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 LC_PAPER=it_IT.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=it_IT.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.0 tools_3.6.0
答:
1赞
robertspierre
5/25/2019
#1
这要归功于英特尔 MKL。卸载英特尔 MKL 并使用 OpenBLAS 反而解决了该问题。
评论
0赞
AlefSin
2/5/2020
您是否找到了解决 MKL 问题的解决方案?使用 Ubuntu 19.10 和 R 3.6.1,我得到与您在此处报告的完全相同的行为。
0赞
robertspierre
2/5/2020
@AlefSin,不幸的是没有。我想将其报告为错误,但英特尔的错误报告系统搞砸了
1赞
robertspierre
9/30/2022
#2
正如我之前的回答中所指出的,这是由于使用英特尔的 MKL 作为 BLAS 后端。
但是,它似乎已通过当前的英特尔 MKL 修复,如以下代码所示:
library(flexiblas)
mkl <- "$HOME/intel/oneapi/mkl/latest/lib/intel64/libmkl_rt.so"
idx <- flexiblas_load_backend(mkl)
flexiblas_switch(idx)
sessionInfo()
print(flexiblas_current_backend())
rm(list=ls())
N = 100000
xvar <- runif(N, -10, 10)
e <- rnorm(N, mean=0, sd=1)
yvar <- 1 + 2*xvar + e
plot(xvar,yvar)
lmMod <- lm(yvar~xvar)
print(summary(lmMod))
返回正确的系数。
评论
0赞
Ben Bolker
9/30/2022
Смотритетакже: community.intel.com/t5/Intel-oneAPI-Math-Kernel-Library/...
0赞
robertspierre
9/30/2022
@BenBolker哦,很高兴知道根本原因。谢谢!
评论
sessionInfo()