在 Seurat/单细胞 RNA 测序中同时可视化 3 个特征

Visualizing 3 features simultaneously in Seurat/single cell RNA sequencing

提问人:kuuchan 提问时间:11/9/2023 更新时间:11/13/2023 访问量:21

问:

我想知道是否有可能同时从单细胞 RNA 测序数据集中可视化 3 个特征。

我使用 DimPlot 的混合函数来可视化 2 个特征,但是是否可以将附加特征叠加到同一个 UMAP 图中?例如,也许作为第三种颜色或轮廓圆圈或其他一些类似的机制?

我已经为这个问题苦苦挣扎了一段时间,我觉得它可能需要一个创造性的解决方案,所以我正在寻求一些帮助:)

谢谢!

我尝试对特征进行二值化,但一次只能可视化 2 个特征。我还想知道如何对元数据中的自定义列进行二值化,例如,如何对从AddModuleScore或相关函数计算的模块分数进行二值化。

生物信息学 修拉 测序

评论


答:

1赞 Luca Mannino 11/13/2023 #1

也许您可以简单地修改您在 DimPlot 中使用的元数据列以包含这第三个功能。 您能否向我们展示您的元数据是什么样的(仅前几行),它应该使我们更容易为您提供帮助。