提问人：Christopher Kuo 提问时间：11/8/2023 最后编辑：CloudberryChristopher Kuo 更新时间：11/18/2023 访问量：1307
合并空间转录组学对象后的 RunUMAP 代码错误
RunUMAP code error after merged spatial transcriptomic objects
问：
我将 6 个空间转录组学对象合并在一起，然后运行
Metastaticsamples.merge <- ScaleData(Metastaticsamples.merge)
#perform linear reduction analysis:
Metastaticsamples.merge <- RunPCA(Metastaticsamples.merge, features = VariableFeatures(object = Metastaticsamples.merge))
#Metastatic
Metastaticsamples.merge <- FindNeighbors(Metastaticsamples.merge, reduction = "pca", dims = 1:15)
Metastaticsamples.merge <- FindClusters(Metastaticsamples.merge, verbose = FALSE)
Metastaticsamples.merge <- RunUMAP(Metastaticsamples.merge, dims = 1:15)
但是，在执行RunUMAP时，我遇到了错误代码
20:35:37 Initializing from normalized Laplacian + noise (using irlba)
Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) :
function 'as_cholmod_sparse' not provided by package 'Matrix'
关于发生了什么以及如何克服这个问题的任何想法？
尝试检查软件包更新它们，但没有工作
答：
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Valdemort
11/10/2023
#1
这是与新的 Matrix 包版本 （1.6-2） 的兼容性问题。只需安装以前的版本（1.6-1），您应该没问题。
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Reza
11/11/2023
#2
谢谢，遇到了同样的错误。问题解决时间如下：
install.packages("remotes")
remotes::install_version("Matrix", version = "1.6-1")
packageVersion("Matrix")
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mischko
11/16/2023
#3
我遇到了同样的错误。是的，可以通过降级到 来解决。但也可以重新安装，而无需降级 Matrix（这是一种临时解决方法）。重新安装在我的情况下有效。Matrix 1.6-1irlbairlba
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