sparseMatrix(i = x[[“indices”]][] + 1, p = x[[“indptr”]][], x = x[[“data”]][], : 'dims' 必须包含所有 (i,j) 对

Error in sparseMatrix(i = x[["indices"]][] + 1, p = x[["indptr"]][], x = x[["data"]][], : 'dims' must contain all (i,j) pairs

提问人:karlie022 提问时间:10/24/2023 最后编辑:help-info.dekarlie022 更新时间:10/24/2023 访问量:53

问:

我已成功将 h5ad 文件转换为 h5seurat

Convert("xxx.h5ad","h5seurat",overwrite = TRUE)

但是当我尝试使用SeuratDisk R包中的功能时,我收到如下错误消息:LoadH5Seurat

验证 h5Seurat 文件 使用数据初始化 RNA sparseMatrix(i = x[[“indices”]][] + 1, p = x[[“indptr”]][], x = x[[“data”]][], 中的错误: “dims”必须包含所有 (i,j) 对 我的代码是'LoadH5Seurat(“xxxx.h5seurat”,assays ='RNA')'

有没有人遇到过同样的错误? 任何建议都会很有帮助!

library(SeuratDisk)
Convert("xxx.h5ad","h5seurat",overwrite = TRUE)
seuratobj <- LoadH5Seurat("xxxx.h5seurat",assays ='RNA')
R 修拉 ·斯坎皮

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