如何对 Seurat 对象进行子集化,使其仅包含多个样本?

How can I subset a Seurat object so that it only contains multiple samples?

提问人:Warsame 提问时间:9/28/2023 更新时间:9/30/2023 访问量:126

问:

或任何熟悉修拉的人:我如何将一个集成的修拉对象子集为多个样本?我能够使用 1 个组 ID 将对象子集为 1 个样本,如下所示。当我尝试包含多个样本时,它不起作用。有什么建议吗?

#source: https://figshare.com/articles/dataset/Data_R_code_and_output_Seurat_Objects_for_single_cell_RNA-seq_analysis_of_human_breast_tissues/17058077?file=31546307
tnbc <- readRDS(“data/SeuratObject_TNBC.rds”)
tnbc.groups <- c(“TN_B1_0554",
            “TN_B1_0177”,
            “TN_B1_4031",
            “TI_B1_0131 ”
)
tnbc <- subset(tnbc, subset = group == tnbc.groups)
Warning message:
In group == tnbc.epi.TN.groups :
 longer object length is not a multiple of shorter object length
修拉

评论


答:

0赞 Cloudberry 9/30/2023 #1

如果是 Seurat 元数据中的变量,您应该能够像这样进行子集:group

tnbc <- subset(tnbc, subset = group %in% tnbc.groups)