提问人：raj 提问时间：9/20/2023 最后编辑：raj 更新时间：9/24/2023 访问量：140
如何从GSE数据集创建Seurat对象？
How to create a Seurat Object from GSE data set?
问：
我知道我们可以从细胞游侠输出文件（条形码、特征、矩阵）创建 Seurat 对象。但是我有一个 csv 格式的 GSE 单单元数据集。如何从中创建一个 Seurat 对象？
谢谢。
a = read.csv(<csv file >, header = TRUE)
b = t(a)
c = CreateSeuratObject(counts = b, project = "my_single_cell", min.cells = 3, min.features = 200)
Error in CreateAssayObject(counts = counts, min.cells = min.cells, min.features = min.features, :
输入矩阵中不存在单元格名称 （colnames） 名称
dput(a[1:10, 1:10])
2.0293824672699, 0, 0, 1.67916893959045, 1.25670552253723, 0,
0, 2.35019993782043, 0), Lypla1 = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0), Gm37988 = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), Tcea1 = c(0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), Atp6v1h = c(0, 0, 0, 1.69750428199768,
0, 1.25670552253723, 0, 0, 0, 0), Rb1cc1 = c(0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0), X4732440D04Rik = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0),
Pcmtd1 = c(0, 0, 0, 0, 0, 1.25670552253723, 0, 2.10469627380371,
0, 0), Gm26901 = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0)), row.names = c("AAACCCATCTGGAAGG-WT1",
"AAACGAACAACTCGTA-WT1", "AAACGAACACAGACGA-WT1", "AAACGAATCACGAACT-WT1",
"AAACGAATCAGGGTAG-WT1", "AAACGCTAGCTGACTT-WT1", "AAACGCTTCGACCTAA-WT1",
"AAAGAACAGAATCCCT-WT1", "AAAGTCCAGAGTGACC-WT1", "AAAGTCCAGTAAACAC-WT1"
), class = "data.frame")```
>
答：
1赞
Cloudberry
9/22/2023
#1
原始表似乎在行上有细胞，在列中有基因，细胞名称在第一列中。要获取正确的行名，请尝试以下操作：
a = read.csv(data.csv, row.names = 1)
b = t(a)
c = CreateSeuratObject(counts = b, project = "my_single_cell", min.cells = 3, min.features = 200)
编辑：该表似乎包含规范化的表达式值，而不是原始计数。Seurat 可能不是处理此类数据的正确工具。
评论
0赞
raj
9/24/2023
我按照你的建议在原来的问题中给出了完整的内容。有没有办法转换此数据并将其导入 Seurat 对象？
0赞
Cloudberry
9/24/2023
@raj 为了清楚起见，我添加了 and 命令，但它们与您在问题中已经拥有的相同。它是否有效，或者如果没有，您遇到了哪个错误？t()CreateSeuratObject()
0赞
raj
9/25/2023
是的，这适用于修拉对象的创建。谢谢。
评论
dput(a[1:10, 1:10])