构造 SingleCellExperiment 对象时出现无效的行名长度错误

Invalid rownames length error while constructing a SingleCellExperiment Object

提问人:HARI NAGA SAI KIRAN SURYADEVAR 提问时间:9/2/2023 最后编辑:ProgmanHARI NAGA SAI KIRAN SURYADEVAR 更新时间:9/3/2023 访问量:34

问:

我正在尝试使用 R 中的贝叶斯空间包执行单细胞数据分析。为此,我需要构造一个 SingleCellExperiment 对象。我尝试了以下代码,

colData \<- read.csv("kidneydata/kidney085_XY01_20-0038/spa.csv", stringsAsFactors=FALSE)
counts \<- read.csv("kidneydata/kidney085_XY01_20-0038/count.csv", stringsAsFactors=FALSE)

names(colData) \<- c("row","col")

sce \<- SingleCellExperiment(list(counts=counts),
                            colData=colData
)

当我尝试执行上述代码时,我收到以下错误,

Error in `rownames<-`(`*tmp*`, value = .get_colnames_from_first_assay(assays)) : 
  invalid rownames length

有人可以帮我解决这个错误吗?

这是计数数据,

enter image description here

它有 14975 个变量的 317 个观测值。

这是坐标数据的一瞥,

enter image description here

提前致谢。

R 修拉 RNA-测序

评论


答:

0赞 HARI NAGA SAI KIRAN SURYADEVAR 9/3/2023 #1

转置计数矩阵解决了这个问题,因为 SingleCellExperiment 类期望细胞作为列,基因作为计数数据中的行。