提问人：JoseVet 提问时间：5/14/2023 最后编辑：ArctodusJoseVet 更新时间：5/15/2023 访问量：48
使用可能的诊断列表（查找表）在一系列临床叙述中找出特定诊断
Using a list of possible diagnosis (look up table) to find out a specific diagnosis in a series of clinical narratives
问：
我有一个临床叙述数据集，我想从中提取癌症的诊断。
这是叙述的一个示例（每个字符串都是数据集上的一行（大多数叙述只有一个诊断，但其他叙述有多个诊断。
['Simple tubular carcinoma and solid carcinoma of the mammary gland', 'Sebaceous adenomas', 'Splenic haemangiosarcoma', 'mammary adenoma and mixed mammary carcinoma' 'Panniculitis']
因此，为了检测每一行中的诊断，我使用如下所示的查找表：
['Solid carcinoma', 'tubular carcinoma' 'adenoma', 'hemangiosarcoma', 'mammary adenoma', 'mixed mammary carcinoma']
因此，我需要做的是将查找表循环到每个叙述上，以找出每个临床叙述中查找表的哪些诊断。
我试过了。
def t(x):
for item in [Tumour_list]:
if item in Narratives_series :
return item
return False
print(Narratives_series)
print(Narratives_series.apply(t))
期待这个：
但到目前为止，这是不可能的。我还是 Python 的新手：-） 何塞。
答：
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Anas Ahmed
5/14/2023
#1
您可以使用以下功能：
diagnoses = ['Solid carcinoma', 'tubular carcinoma', 'adenoma', 'haemangiosarcoma', 'mammary adenoma', 'mixed mammary carcinoma']
narrative_diagnoses = {}
for narrative in narratives:
narrative_diagnoses[narrative] = []
for diagnosis in diagnoses:
if diagnosis.lower() in narrative.lower():
narrative_diagnoses[narrative].append(diagnosis)
这将创建一个字典，其中键是叙述，值是在叙述中找到的所有诊断的列表。
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JoseVet
5/15/2023
我想我没有把自己解释得足够好（道歉）。主要问题是我把所有这些叙述（超过 100000 个）放在一个列中，而所有诊断（1000 个）放在其他列中。我希望 Python 查看包含所有诊断列表的叙述，并在第三列中返回匹配项。换句话说，如果我们考虑这个例子，期望的结果是，当 Python 阅读带有“简单管状癌和乳腺实体癌”的叙述时，它会返回“实体癌”和“肾小管癌”。希望这现在有意义。谢谢！
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Anas Ahmed
5/15/2023
我根据您的评论编辑了我的代码。但有一个问题是，当叙述中有两个以上的诊断时会发生什么，例如，对于叙述：“乳腺腺瘤和混合性乳腺癌”，你是想提取“腺瘤”作为单一诊断本身，还是只想要你在表格中显示的两个诊断。我的代码为这个叙述输出了这个： ['腺瘤'， '乳腺腺瘤'， '混合性乳腺癌']
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JoseVet
5/19/2023
多谢！结果很棒。你的问题非常恰当，我不太确定哪个更好，因为在这种情况下，“乳腺腺瘤”的输出是“乳腺腺瘤”+“腺瘤”，它应该（如果可能）只有“乳腺腺瘤”，因为只有一个诊断而不是两个。然而，对于像“乳腺腺瘤和皮肤未指定的腺瘤”这样的叙述来说，这很好。Maye 我必须减少参考文献列表并删除通用术语。但是，您的代码是很好的第一步。我不明白的是这句话：narrative_diagnoses[叙述]。谢谢 🙏
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