R 函数中的全局赋值运算符 - 有什么更好的选择?

R Global assignment operator in a function - whats a better alternative?

提问人:user2498193 提问时间:8/12/2020 最后编辑:user2498193 更新时间:8/12/2020 访问量:176

问:

我在包中有一个函数(目前主要供我自己使用,可能会在将来的某个时候共享)。我正在尝试用 lapply 替换慢速 for 循环,以便以后我可以并行化它。因此,我发现即使没有 parellelization 也要快得多的一个选项是使用全局赋值运算符。然而,我对此感到焦虑,因为这似乎不受欢迎,而且我不习惯考虑环境,因此担心副作用:

这是一个简单的 reprex:



n <- 2
nx <- 40
v <- 5
d <- 3

array4d <- array(rep(0, n * nx * v * d) ,
                       dim = c(n, nx, v, d) )
array4d2 <- array4d

# Make some data to enter into the array - in real problem a function gens this data depending on input vars

set.seed(4)
dummy_output <- lapply(1:v, function(i) runif(n*nx*d))

microbenchmark::microbenchmark( {
    for(i in 1:v){
        array4d[ , , i, ] <- dummy_output[[i]]
    }
}, {
    lapply(1: v, function(i) {
        array4d2[ , , i, ] <<- dummy_output[[i]]
    })
})

Unit: microseconds
                                                                                     expr      min        lq
             {     for (i in 1:v) {         array4d[, , i, ] <- dummy_output[[i]]     } } 1183.504 1273.6205
 {     lapply(1:v, function(i) {         array4d2[, , i, ] <<- dummy_output[[i]]     }) }   13.257   16.1715
       mean    median       uq      max neval cld
 1488.26909 1411.4565 1515.762 3535.974   100   b
   33.56976   18.1445   21.150 1525.608   100  a 
> 
> identical(array4d, array4d2)
[1] TRUE

所有这些都将发生在其父级多次调用的函数中。

所以这(很多!)更快。 但我的问题是

  1. 这样做安全吗?
  2. 有没有类似的快速替代方案不使用?<<-
r 变量 值赋值运算符

评论


答:

2赞 G. Grothendieck 8/12/2020 #1

将可变维度设为最后一个维度。Microbenchmark 表示其性能与使用全局变量的性能在统计上没有差异。如果重要的是,维度是之后的第三次使用。aperm(x, c(1, 2, 4, 3))

microbenchmark::microbenchmark( 
    a = for(i in 1:v) array4d[ , , i, ] <- dummy_output[[i]],
    b = lapply(1: v, function(i) array4d2[ , , i, ] <<- dummy_output[[i]]),
    c = array(unlist(dummy_output), dim(array4d3))
)

评论

0赞 user2498193 8/12/2020
因此,当你包括精子时,保持最快的速度 - 在更大的尺寸上,它们都是一样的,因为在真实数据中调用的计算相对较慢 - 但是这个解决方案将使它变得非常容易替换,所以我很高兴。谢谢!<<-lapplyfuture_lapply