将 Python 序列转换为 NumPy 数组,填充缺失值

Convert Python sequence to NumPy array, filling missing values

提问人:Marco Ancona 提问时间:7/28/2016 最后编辑:Peter MortensenMarco Ancona 更新时间:6/28/2023 访问量:19834

问:

可变长度列表的 Python 序列隐式转换为 NumPy 数组会导致数组的类型为 object

v = [[1], [1, 2]]
np.array(v)
>>> array([[1], [1, 2]], dtype=object)

尝试强制使用其他类型将导致异常:

np.array(v, dtype=np.int32)
ValueError: setting an array element with a sequence.

通过使用给定的占位符填充“缺失”值来获取 int32 类型的密集 NumPy 数组的最有效方法是什么?

从我的示例序列中,如果 0 是占位符,我想得到这样的东西v

array([[1, 0], [1, 2]], dtype=int32)
python numpy 序列 变量长度数组

评论


答:

16赞 Alicia Garcia-Raboso 7/28/2016 #1

Pandas 及其 -s 很好地处理了缺失的数据。DataFrame

import numpy as np
import pandas as pd

v = [[1], [1, 2]]
print(pd.DataFrame(v).fillna(0).values.astype(np.int32))

# array([[1, 0],
#        [1, 2]], dtype=int32)

评论

2赞 Divakar 7/28/2016
这对于大小变化较小的数据非常有用,真的是很好的解决方案!
38赞 ayhan 7/28/2016 #2

您可以使用 itertools.zip_longest

import itertools
np.array(list(itertools.zip_longest(*v, fillvalue=0))).T
Out: 
array([[1, 0],
       [1, 2]])

注意:对于 Python 2,它是itertools.izip_longest

评论

3赞 Divakar 7/28/2016
当基于大型数据集的快速运行时测试的列表元素中的大小变化很大时,这似乎非常好。
3赞 Alexander 7/28/2016 #3
max_len = max(len(sub_list) for sub_list in v)

result = np.array([sub_list + [0] * (max_len - len(sub_list)) for sub_list in v])

>>> result
array([[1, 0],
       [1, 2]])

>>> type(result)
numpy.ndarray
23赞 Divakar 7/28/2016 #4

这是我在其他几篇文章中使用的一种几乎*基于矢量化布尔索引的方法 -

def boolean_indexing(v):
    lens = np.array([len(item) for item in v])
    mask = lens[:,None] > np.arange(lens.max())
    out = np.zeros(mask.shape,dtype=int)
    out[mask] = np.concatenate(v)
    return out

试运行

In [27]: v
Out[27]: [[1], [1, 2], [3, 6, 7, 8, 9], [4]]

In [28]: out
Out[28]: 
array([[1, 0, 0, 0, 0],
       [1, 2, 0, 0, 0],
       [3, 6, 7, 8, 9],
       [4, 0, 0, 0, 0]])

*请注意,这几乎是矢量化的,因为这里唯一执行的循环是在开始时,我们在那里获得列表元素的长度。但是,这部分对计算要求不高,对总运行时间的影响应该很小。

运行时测试

在本节中,我将对 Garcia-Raboso @Alberto基于 DataFrame 的解决方案进行计时,对 @ayhan 的基于 itertools 的解决方案进行计时,因为它们似乎可以很好地扩展,以及本文中基于布尔索引的解决方案,用于相对较大的数据集,在列表元素之间具有三个大小变化级别。

案例 #1 : 较大的尺寸变化

In [44]: v = [[1], [1,2,4,8,4],[6,7,3,6,7,8,9,3,6,4,8,3,2,4,5,6,6,8,7,9,3,6,4]]

In [45]: v = v*1000

In [46]: %timeit pd.DataFrame(v).fillna(0).values.astype(np.int32)
100 loops, best of 3: 9.82 ms per loop

In [47]: %timeit np.array(list(itertools.izip_longest(*v, fillvalue=0))).T
100 loops, best of 3: 5.11 ms per loop

In [48]: %timeit boolean_indexing(v)
100 loops, best of 3: 6.88 ms per loop

案例 #2 : 较小的尺寸变化

In [49]: v = [[1], [1,2,4,8,4],[6,7,3,6,7,8]]

In [50]: v = v*1000

In [51]: %timeit pd.DataFrame(v).fillna(0).values.astype(np.int32)
100 loops, best of 3: 3.12 ms per loop

In [52]: %timeit np.array(list(itertools.izip_longest(*v, fillvalue=0))).T
1000 loops, best of 3: 1.55 ms per loop

In [53]: %timeit boolean_indexing(v)
100 loops, best of 3: 5 ms per loop

案例 #3:每个列表元素的元素数量较大(最多 100 个)

In [139]: # Setup inputs
     ...: N = 10000 # Number of elems in list
     ...: maxn = 100 # Max. size of a list element
     ...: lens = np.random.randint(0,maxn,(N))
     ...: v = [list(np.random.randint(0,9,(L))) for L in lens]
     ...: 

In [140]: %timeit pd.DataFrame(v).fillna(0).values.astype(np.int32)
1 loops, best of 3: 292 ms per loop

In [141]: %timeit np.array(list(itertools.izip_longest(*v, fillvalue=0))).T
1 loops, best of 3: 264 ms per loop

In [142]: %timeit boolean_indexing(v)
10 loops, best of 3: 95.7 ms per loop

对我来说,itertools.izip_longest似乎做得很好! 没有明显的赢家,但必须根据具体情况而定!

评论

0赞 Divakar 7/28/2016
@ayhan嗯,不能在我的 Python 2 版本上运行它。可能是我的 NumPy 版本 1.11.1 吗?
2赞 ayhan 7/28/2016
我想所有方法都在迭代,但随着 v 中的列表越来越大,您的方法开始更快。我用 n=10^3、m=10^4 尝试了一下,速度快了 5 倍。我在 Python 1.11.1 中有 3,但结果与 Python 2.7 numpy 1.10.4 非常相似v
1赞 Divakar 7/28/2016
@ayhan 感谢您的反馈和诚实!;)为该:)添加了另一个案例
2赞 Mazdak 7/28/2016 #5

这是一个一般的方法:

>>> v = [[1], [2, 3, 4], [5, 6], [7, 8, 9, 10], [11, 12]]
>>> max_len = np.argmax(v)
>>> np.hstack(np.insert(v, range(1, len(v)+1),[[0]*(max_len-len(i)) for i in v])).astype('int32').reshape(len(v), max_len)
array([[ 1,  0,  0,  0],
       [ 2,  3,  4,  0],
       [ 5,  6,  0,  0],
       [ 7,  8,  9, 10],
       [11, 12,  0,  0]], dtype=int32)
0赞 bitbang 6/14/2020 #6

您可以尝试先转换 pandas 数据帧,然后将其转换为 numpy 数组

ll = [[1, 2, 3], [4, 5], [6, 7, 8, 9]]

df = pd.DataFrame(ll)
print(df)
#    0  1    2    3
# 0  1  2  3.0  NaN
# 1  4  5  NaN  NaN
# 2  6  7  8.0  9.0

npl = df.to_numpy()
print(npl)

# [[ 1.  2.  3. nan]
#  [ 4.  5. nan nan]
#  [ 6.  7.  8.  9.]]
0赞 tmsss 7/10/2020 #7

我在 Alexander 的回答中遇到了一个 numpy 广播错误,所以我用 numpy.pad 添加了一个小的变化:

pad = len(max(X, key=len))

result = np.array([np.pad(i, (0, pad-len(i)), 'constant') for i in X])
0赞 Fmess 7/2/2021 #8

如果要将相同的逻辑扩展到更深的层次(列表列表,..),可以使用 tensorflow 不规则张量并转换为张量/数组。例如:

import tensorflow as tf
v = [[1], [1, 2]]
padded_v = tf.ragged.constant(v).to_tensor(0)

这将创建一个填充了 0 的数组。 或者更深层次的例子:

w = [[[1]], [[2],[1, 2]]]
padded_w = tf.ragged.constant(w).to_tensor(0)