对于每个文件的循环 Illumina fastq + mkdir

问：

我有大约 1000 个 WGS fastq 配对端读，我想通过 mydbfinder 在本地处理，因为使用在线版本每个样本都需要很长时间。

我在处理Illumina配对端读取方面没有太多经验，但我能够毫无问题地运行单端读取的for循环。

下面的代码开始为每个文件创建目录，但它们是空的。

错误：“输入错误：输出目录不存在”

#!/usr/bin/bash

for file1 in /FastQ_files/*.R1.fastq.gz; do
        mkdir $file1\_Output
        outfile=${file1%%.fastq.gz}\_Output
        file2="${file1%%.*}.R2.fastq.gz"
        python mydbfinder.py -i "$file1" "$file2" -o $outfile --databasePath . --databases Custom_DB -x -l 0.6 -t 0.6;
done

知道为什么代码不起作用吗？输入受到极大的赞赏。

试图从开发人员那里获得帮助，但他们无法帮助解决问题。