提问人：Litsa Abdelnour 提问时间：4/7/2023 最后编辑：Timur ShtatlandLitsa Abdelnour 更新时间：4/8/2023 访问量：296
如何将 fsa_nt 文件转换为 FASTA？
How can I convert a fsa_nt file to FASTA?
问：
我正在尝试转换从 NCBI 下载的文件，其中包含细菌基因组的重叠群。为了进一步分析，我需要以 FASta 格式提供它。
我尝试通过 seqkit 进行转换，但它不起作用。
答：
1赞
tla
4/7/2023
#1
.fsa_nt扩展名表示该文件已经是 FASTA 格式。NCBI GenBank 发行说明将文件描述为“核苷酸 FASTA”。.fsa_nt
从 NCBI 下载的典型文件具有扩展名。这些文件已经是 FASTA 格式，以 gzip 格式压缩。您可以使用 或 解压缩它们。.fsa_nt.gzgunzipzcat
例如，在 *nix 系统中，您可以这样做来下载和解压缩文件：.fsa_nt.gz
curl ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/wgs_aux/LN/TK/LNTK01/LNTK01.1.fsa_nt.gz | gunzip > LNTK01.1.fasta
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