纳米孔去除嵌合体步骤

Nanopore removal chimeras step

提问人:user21735900 提问时间:4/25/2023 最后编辑:Renaud Pacaletuser21735900 更新时间:4/25/2023 访问量:46

问:

我是纳米孔的新手,当我试图通过循环从所有数据中删除嵌合体时,我正在按照脚本从纳米孔原始数据中分析 16S 测序:

time(for i in $1*nanofilt.fastq
do 
    minimap2 -x ava-ont -g 500 -t 12 $i $i > ${i%%.*}.paf
    yacrd -i ${i%%.*}.paf -o ${i%%.*}.yacrd -c 4 -n 0.4 scrubb -i $i -o ${i%%.*}.scrubb.fastq

    rm ${i%%.*}.paf
done)

我没有获得预期的文件,但我没有任何错误,所以我不知道是什么问题。我正在使用 ubuntu 的 20.04 版本。可能是语法错误或兼容性?

我逐个示例尝试了脚本:

minimap2 -x ava-ont -g 500 -t number_of_threads input_file-porechop-nanofilt.fastq input_file-porechop-nanofilt.fastq > input_file-porechop-nanofilt.paf
yacrd -i input_file-porechop-nanofilt.paf -o input_file-porechop-nanofilt.yacrd -c 4 -n 0.4 scrubb -i input_file-porechop-nanofilt.fastq -o input_file-porechop-nanofilt.scrubb.fastq
rm *.paf

但是我需要一次添加所有样本,因此我使用循环。

提前致谢

Python Bash Ubuntu 排序

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