filterAndTrim:add(bin) 中的错误:记录不以“@”开头

filterAndTrim : Error in add(bin) : record does not start with '@'

提问人:Reda 提问时间:2/11/2023 最后编辑:zx8754Reda 更新时间:2/15/2023 访问量:71

问:

我在 Windows 2 上使用 dada 1.22.0 版本“10”,我有压缩 (.gz) fastq 文件列表,当我使用函数 filterAndTrim 时,我收到以下错误消息:

add(bin) 中的错误:记录不以“@”开头

但是当我想看看我是否可以用库(ShortRead)读取.gz文件时:

library(ShortRead)
fn <- "path/to/example.fastq.gz"
reads <- readFastq(fn)

它不会给出任何错误消息消息

我不明白为什么函数filterAndTrim会给出错误消息

add(bin) 中的错误:记录不以“@”开头

你有什么解决办法吗?

R GZIP 生物信息学 FastQ 测序

评论

0赞 MrFlick 2/11/2023
如果您查看 FASTQ 格式,您会看到标识符需要以“@”开头。听起来您的输入文件格式不正确。你能解压缩前几行看看它是什么样子的吗?
0赞 Reda 2/11/2023
当我解压缩.gz文件时,我可以看到它是以@开头的(我验证了几个.gz文件),我也解压缩了所有文件,我使用了fastq文件,它可以工作,但我仍然不知道为什么它不能与.gz文件一起使用

答: 暂无答案