在过滤单细胞RNA测序数据时遇到一些问题

Having some problem with filtering data for single cell RNA sequencing

提问人:Arka26 提问时间:3/23/2023 最后编辑:vimuthArka26 更新时间:3/23/2023 访问量:35

问:

目前,我正在尝试过滤一些用于单细胞RNA测序的数据,这个过程需要使用python。我正在尝试运行以下代码,但遇到了一些错误。

%pylab inline

import warnings
warnings.filterwarnings("ignore")

from SCCAF import *

错误消息的图像附在这篇文章中。

错误信息

1

我还想说,我对使用 python 有基本的了解,所以这可能是我这边无法解决的一些问题。目前我也在使用 google colab 来运行此代码。任何人都能用这个问题取悦我吗?

我尝试使用 pip install 安装 SCAAF 和 scanpy,但仍然没有进展。

Python RNA-seq 测序

评论

0赞 Poshi 3/23/2023
您缺少 SCCAF 软件包。您应该安装 SCAAF 软件包。常用的方法是使用 .你说你做到了......检查您是否以正确的方式完成,我从未使用过 Google Collab,所以也许您将软件包安装在错误的位置,或者使用错误的程序。pip install
0赞 Poshi 3/23/2023
尝试使用 (stackoverflow.com/questions/51342408/...%pip install SCCAF)
0赞 Arka26 4/2/2023
这是我第一次使用 python,我只有基本的知识。我可以与代码共享文件。你能试着运行它,向我简要解释一下整个过程吗?
0赞 Arka26 4/2/2023
代码文件的链接 - drive.google.com/drive/folders/...你能不能自己运行脚本,帮我运行整个过程。
0赞 Poshi 4/2/2023
对不起,我几乎从不使用笔记本,所以我在这里不会有太大帮助。我的建议仅基于我的 Python 经验和 Google/SO 帮助。此外,你的问题似乎与代码无关,而是与你的环境有关,因此检查你的代码不会有太大帮助。

答: 暂无答案