问答列表

确定通过特定基因的表达分离 Seurat 对象的良好阈值

作者:Jacob_K 提问时间:9/3/2023

我正在尝试将我的 Seurat 对象中的细胞注释为特定基因的阳性或阴性。我想知道是否有任何特殊的方法可以确定一个细胞在表达特定基因时是阳性还是阴性的良好阈值? 这是从 Github 注释 Lyz 阳...

如何对 Seurat 对象进行子集化,使其仅包含多个样本?

作者:Warsame 提问时间:9/28/2023

或任何熟悉修拉的人:我如何将一个集成的修拉对象子集为多个样本?我能够使用 1 个组 ID 将对象子集为 1 个样本,如下所示。当我尝试包含多个样本时,它不起作用。有什么建议吗? #source: h...

在 R 中从 python 加载 h5mu 数据以创建 seurat 对象?

作者:LasseVoss 提问时间:11/3/2023

我正在尝试将 .h5mu 数据加载到 R 中,但我似乎找不到任何选项。我已经找到了一种使用 .h5ad (anndata) 而不是 .h5mu 的方法 - 这里有什么想法吗? 我也在考虑使用 Seu...


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