信息学 问答列表

过滤床文件中的重叠条目

作者:maciek 提问时间:4/16/2017

我有一个床文件,如下所示: 1 183113 183114 chr1:183113-183240 0 + 1 187286 187287 chr1:187128-187287 0 - 1 18757...

按匹配其他文件的顺序打印行 [已关闭]

作者:Shafaque Zahra 提问时间:10/20/2023

已关闭。这个问题需要细节或澄清。它目前不接受答案。 想改进这个问题吗?通过编辑这篇文章添加详细信息并澄清问题。 上个月关闭。 改进此问题 文件1.txt SRR1071717 SRR1079...

如何从GSE数据集创建Seurat对象?

作者:raj 提问时间:9/20/2023

我知道我们可以从细胞游侠输出文件(条形码、特征、矩阵)创建 Seurat 对象。但是我有一个 csv 格式的 GSE 单单元数据集。如何从中创建一个 Seurat 对象? 谢谢。 a = read...

从 Entrez 下载完整记录

作者:Jevgenij Posaškov 提问时间:10/24/2023

我无法从NCBI获得大肠杆菌基因组的数据。为此,我使用了两个文档来获取数据 http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec149 h...

将字符串和数据框转换为另一个数据框

作者:jcorn427 提问时间:10/27/2023

我有一个单行数据框,如下所示: Donor Treatment Timepoint MK434_016 WT5 ST002_50uM 6hr 还有一个字符串,如下所示: [1] "AAAC...

除了在 Python 中使用 termios 模块之外,还有其他选择吗?

作者:Rachel Sweeney 提问时间:11/1/2023

长话短说,人们使用 termios 是因为他们不想在 Python 代码中回显。郑重声明,这不是我必须遇到的问题。我正在寻找termios模块的替代品,因为我使用的IDEPyCharm不支持termi...

关于 Python 函数以及如何用不同索引替换多个字符的建议

作者:JuanMacD 提问时间:11/7/2023

我最近回到了 Python,我需要一些帮助来解决这个问题: 我有等长的DNA序列,其中一些里面有N(错误)。我需要一个脚本,将一个序列中的 N 替换为其他序列中的可用核苷酸。因此,只有当所有用作输入...

求解罗莎琳德问题“寻找共享主题”的 Julia 算法中的执行时间问题

作者:Hugo Oliveira 提问时间:11/10/2023

代码上下文:我正在尝试解决罗莎琳德问题“寻找共享主题”(https://rosalind.info/problems/lcsm/)。我使用的方法包括识别最短序列(长度 n)并存储每个可能的子字符串(最...

在 Seurat/单细胞 RNA 测序中同时可视化 3 个特征

作者:kuuchan 提问时间:11/9/2023

我想知道是否有可能同时从单细胞 RNA 测序数据集中可视化 3 个特征。 我使用 DimPlot 的混合函数来可视化 2 个特征,但是是否可以将附加特征叠加到同一个 UMAP 图中?例如,也许作为第...

我应该如何在 fasta 文件中实现条件字符串替换?

作者:harpers29 提问时间:11/15/2023

我有一个大的fasta文件,每个序列标题中都有各种细菌物种名称,如下所示: 文件.fasta >Bacteria;Actinobacteria;Actinobacteria;Streptomyce...


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