生物信息学 问答列表

过滤床文件中的重叠条目

作者:maciek 提问时间:4/16/2017

我有一个床文件,如下所示: 1 183113 183114 chr1:183113-183240 0 + 1 187286 187287 chr1:187128-187287 0 - 1 18757...

将字符串和数据框转换为另一个数据框

作者:jcorn427 提问时间:10/27/2023

我有一个单行数据框,如下所示: Donor Treatment Timepoint MK434_016 WT5 ST002_50uM 6hr 还有一个字符串,如下所示: [1] "AAAC...

如何在没有__hash__的情况下删除对象列表中的重复项

作者:BioGeek 提问时间:10/10/2017

我有一个自定义对象列表,我想从中删除重复项。通常,您可以通过定义对象 和 然后获取对象列表来执行此操作。我已经定义了,但我无法想出一种很好的实现方法,以便它为相等的对象返回相同的值。__eq____h...

如何在最新版本的 R 中导入 GTF 文件

作者:user2954167 提问时间:10/31/2022

我正在尝试将 GTF 文件上传到 R,但似乎之前的所有方法都已失效。 import(file.gtf) importgtf(file.gtf) read.gtf(file.gtf) 每一个,当我...

从chorddiag交互式图表输出基因列表

作者:Ssylvia 提问时间:3/14/2023

我们目前正在实验室中探索 ChordDiag,以更好地显示大型蛋白质组学和 CRISPR 筛选数据集。图表的初始显示似乎效果很好。但是,我们有一些基本问题:chorddiag 是否内置了任何函数,允许...

我应该如何在 fasta 文件中实现条件字符串替换?

作者:harpers29 提问时间:11/15/2023

我有一个大的fasta文件,每个序列标题中都有各种细菌物种名称,如下所示: 文件.fasta >Bacteria;Actinobacteria;Actinobacteria;Streptomyce...

在 Seurat/单细胞 RNA 测序中同时可视化 3 个特征

作者:kuuchan 提问时间:11/9/2023

我想知道是否有可能同时从单细胞 RNA 测序数据集中可视化 3 个特征。 我使用 DimPlot 的混合函数来可视化 2 个特征,但是是否可以将附加特征叠加到同一个 UMAP 图中?例如,也许作为第...

求解罗莎琳德问题“寻找共享主题”的 Julia 算法中的执行时间问题

作者:Hugo Oliveira 提问时间:11/10/2023

代码上下文:我正在尝试解决罗莎琳德问题“寻找共享主题”(https://rosalind.info/problems/lcsm/)。我使用的方法包括识别最短序列(长度 n)并存储每个可能的子字符串(最...

关于 Python 函数以及如何用不同索引替换多个字符的建议

作者:JuanMacD 提问时间:11/7/2023

我最近回到了 Python,我需要一些帮助来解决这个问题: 我有等长的DNA序列,其中一些里面有N(错误)。我需要一个脚本,将一个序列中的 N 替换为其他序列中的可用核苷酸。因此,只有当所有用作输入...

“同时读 -r 行;do“无法识别计数器变量

作者:pooch 提问时间:6/14/2023

我有可用于处理每一行文件的代码,但是当我尝试在 while 循环中使用计数器变量将迭代限制为整数“n”时,它不再有效。 这是我的代码: # Output file for biallelic S...


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