生物信息学 问答列表

除了在 Python 中使用 termios 模块之外,还有其他选择吗?

作者:Rachel Sweeney 提问时间:11/1/2023

长话短说,人们使用 termios 是因为他们不想在 Python 代码中回显。郑重声明,这不是我必须遇到的问题。我正在寻找termios模块的替代品,因为我使用的IDEPyCharm不支持termi...

在多分辨率文件上迭代运行软件

作者:Anon 提问时间:7/22/2023

.mcool 文件包含多个分辨率的矩阵。 一个 .mcool 文件的冷却器: cooler ls ./../input/A001C007.hg38.nodups.pairs.mcool ./.....

按匹配其他文件的顺序打印行 [已关闭]

作者:Shafaque Zahra 提问时间:10/20/2023

已关闭。这个问题需要细节或澄清。它目前不接受答案。 想改进这个问题吗?通过编辑这篇文章添加详细信息并澄清问题。 上个月关闭。 改进此问题 文件1.txt SRR1071717 SRR1079...

如何将标题添加到以第二列作为目录名称的列 [duplicate]

作者:Shafaque Zahra 提问时间:10/18/2023

这个问题在这里已经有答案了: Bash 中单引号和双引号的区别 (7 个答案) 上个月关闭。 我在多个目录中都有包含 ID 和计数的计数文件(对于每个登录 SRRXXXXX)。我想使用 bash 循...

clustree图像生成的复杂性

作者:ghoeltzel 提问时间:10/15/2023

运行以下代码(最初没有 par (lwd = 1) 行)返回以下错误,在设置 par(lwd = 1) 或 0.5 或 10 后再次返回相同的错误。说实话,当我更改该变量而不是更改绘图线条的宽度时,不...

分析多个分类性状和一个连续性状

作者:Batro 提问时间:10/14/2023

我的数据集包含多个名义非二元变量(即喙形状类型、一般眼睛位置),这些变量被表示/编码为数字。例如,对于“喙形状类型”,有 4 个选项,1-4,每个选项代表不同的形状。这些变量不是有序的。我还有一个连续...

如何获取TCGA中TP53(特别是密码子72)多态性的数据

作者:D Schönegger 提问时间:10/11/2023

我想知道是否有可能获得 TP53 密码子 72 对 TCGA 中不同癌症的多态性数据。 使用TCGAbiolinks,我可以检索“简单核苷酸变异”数据,例如使用: data.category = ...

如何从GSE数据集创建Seurat对象?

作者:raj 提问时间:9/20/2023

我知道我们可以从细胞游侠输出文件(条形码、特征、矩阵)创建 Seurat 对象。但是我有一个 csv 格式的 GSE 单单元数据集。如何从中创建一个 Seurat 对象? 谢谢。 a = read...

从另一个文件中的文件中搜索文本模式

作者:Noha Kamal 提问时间:7/17/2023

我有两个文本文件。“file1.txt”包含大量字符串,每个字符串有 77 个字符。每个字符串都在自己的行中,每组行都由一个新行分隔。每行看起来都类似于下面的示例。块由不同数量的行组成,如下所示: ...

发现氨基酸序列中的突变(错义、移码)

作者:Manuela Ceccarelli 提问时间:8/6/2023

我有一个列表,列出了同一蛋白质不同长度的近 4k 个氨基酸序列,我想找到任何错义或移码的差异(突变)。 需要明确的是,我从这个开始: seqs <- c("FLGKIWPSYKGRPGNF", "...


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