修拉 问答列表

在 R 中从 python 加载 h5mu 数据以创建 seurat 对象?

作者:LasseVoss 提问时间:11/3/2023

我正在尝试将 .h5mu 数据加载到 R 中,但我似乎找不到任何选项。我已经找到了一种使用 .h5ad (anndata) 而不是 .h5mu 的方法 - 这里有什么想法吗? 我也在考虑使用 Seu...

在 Seurat/单细胞 RNA 测序中同时可视化 3 个特征

作者:kuuchan 提问时间:11/9/2023

我想知道是否有可能同时从单细胞 RNA 测序数据集中可视化 3 个特征。 我使用 DimPlot 的混合函数来可视化 2 个特征,但是是否可以将附加特征叠加到同一个 UMAP 图中?例如,也许作为第...

Seurat 中的 CellCycleScoring 问题说“Rowmeans”下标越界

作者:Dagny 提问时间:11/14/2023

对于 R (4.2.0) 中的单单元数据集,我使用的是我的典型工作流程,我通常不会遇到任何问题。 尝试使用Seurat的CellCycleScoring()时,我不断收到以下错误: Error i...

无效的类“Graph”对象:未定义超类“mMatrix”(Seurat/R)

作者:MarieSN 提问时间:11/15/2023

我正在使用修拉进行RNAseq分析,并且已经使用相同的代码一个多月了(没有问题)。FindNeighbors 现在(突然)出现错误,我似乎无法修复它。 数据和代码与以前相同。 all.integra...

无效的类“LogMap”对象:尝试创建 Seurat 对象时必须提供行名

作者:SharonB 提问时间:11/18/2023

我一直在尝试创建一个修拉对象: nuc.seurat <- CreateSeuratObject(counts = as.matrix(UMIs), project = i, min.cells =...

合并空间转录组学对象后的 RunUMAP 代码错误

作者:Christopher Kuo 提问时间:11/8/2023

我将 6 个空间转录组学对象合并在一起,然后运行 Metastaticsamples.merge <- ScaleData(Metastaticsamples.merge) #perform li...


共16条 当前第2页