缺少 R 的 Harmony 包
作者:Sinatra 提问时间:11/18/2022
我一直在尝试为 R 安装 harmony 包,但不能。以下是错误: > install. Packages("harmony") There is a binary version availa...
修拉 问答列表
作者:Sinatra 提问时间:11/18/2022
我一直在尝试为 R 安装 harmony 包,但不能。以下是错误: > install. Packages("harmony") There is a binary version availa...
作者:Jacob_K 提问时间:9/3/2023
我正在尝试将我的 Seurat 对象中的细胞注释为特定基因的阳性或阴性。我想知道是否有任何特殊的方法可以确定一个细胞在表达特定基因时是阳性还是阴性的良好阈值? 这是从 Github 注释 Lyz 阳...
作者:HARI NAGA SAI KIRAN SURYADEVAR 提问时间:9/2/2023
我正在尝试使用 R 中的贝叶斯空间包执行单细胞数据分析。为此,我需要构造一个 SingleCellExperiment 对象。我尝试了以下代码, colData \<- read.csv("kidn...
作者:Kerry 提问时间:9/14/2023
我一直在尝试解决从我正在开发的 Shiny.R 应用程序下载文件时 R 窗口 10 上的 32 错误。此错误从未在 Mac 上发生过。 我主要在 Mac 上编程,对 Windows 环境的了解有限。...
作者:raj 提问时间:9/20/2023
我知道我们可以从细胞游侠输出文件(条形码、特征、矩阵)创建 Seurat 对象。但是我有一个 csv 格式的 GSE 单单元数据集。如何从中创建一个 Seurat 对象? 谢谢。 a = read...
作者:ASN 提问时间:9/29/2023
我是scRNAseq分析的新手。我从公共数据库下载了一个 z 分数缩放矩阵,我将在我的分析中使用它。Seurat 包中的函数 FindAllMarker() 使用不可用的归一化数据。 是否可以将 z...
作者:Warsame 提问时间:9/28/2023
或任何熟悉修拉的人:我如何将一个集成的修拉对象子集为多个样本?我能够使用 1 个组 ID 将对象子集为 1 个样本,如下所示。当我尝试包含多个样本时,它不起作用。有什么建议吗? #source: h...
作者:Maryam 提问时间:10/19/2023
我正在尝试将我的 10X Visium 数据上传到 are,以便我可以创建一个 Seurat 对象,但由于某种原因,数据无法上传。我正在使用 Satija 实验室的代码来加载数据 Load10X_S...
作者:karlie022 提问时间:10/24/2023
我已成功将 h5ad 文件转换为 h5seurat Convert("xxx.h5ad","h5seurat",overwrite = TRUE) 但是当我尝试使用SeuratDisk R包中的...
作者:jcorn427 提问时间:10/27/2023
我有一个单行数据框,如下所示: Donor Treatment Timepoint MK434_016 WT5 ST002_50uM 6hr 还有一个字符串,如下所示: [1] "AAAC...